Compilando C em Sistemas Operacionais diferentes

No caso do Widows, você pode usar system("cls");
Caso seja Linux, o system("clear");
Caso for Mac OS, voce pode usar o comando system("clear");

Arquivo: Exemplo.c

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

#if defined(WINDOWS)
   #define CLEAR system("cls");
#elif defined(LINUX)
   #define CLEAR system("clear");
#elif defined(MAC_OS)
   #define CLEAR system("clear");
#else
   #define CLEAR printf("Plataforma imcompativel\n");
#endif

int main(int argc, char **argv){

   CLEAR;

   printf("Pressione ENTER para continuar...");
   getchar();

   return 0;
}

~$ gcc Exemplo.c -o Exemplo
~$ ./Exemplo
Plataforma imcompativel
Pressione ENTER para continuar...
~$